O processo de seleção do PEC, para alunos regulares, é realizado anualmente, em geral no período de outubro a dezembro, com o ingresso dos novos alunos ocorrendo no primeiro semestre do ano seguinte. Contudo, em caráter excepcional, pode haver seleção para ingresso no segundo semestre. Em ambos os casos, a Comissão de Seleção é formada por professores indicados e aprovados pelo Colegiado do Programa. O processo de seleção é regida por Editais específicos.